Gereja Pantekosta di Indonesia Jl. KH. Zainul Arifin No. 39 Jakarta Pusat yang sekarang digembalakan oleh Pdt. A.H. Mandey, adalah kelanjutan dari GPdI yang sebelumnya terletak di Jalan Pintu Besar Selatan. Sebelum pecah perang dunia II, alm. Pdt. Klerks merintis gereja yang kedua di kota Batavia di daerah Beneden Stad (Jakarta Kota). Pelayanan berkembang pesat sehingga ibadah dipindahkan ke sebuah rumah di jalan Pintu Besar Selatan No. 56B. Rumah itu tidak terlalu besar tetapi memanjang kebelakang dan terletak diantara toko-toko. Sampai akhir hayatnya almarhum Pdt. Klerks menjadi Gembala Jemaat Pintu Besar Selatan.
Pelayanan kemudian diteruskan oleh alm. Pdt. H.N. Runkat - ayah dari Ibu Maria Magdalena Runkat; sekarang lebih dikenal dengan nama Ibu Lenny Mandey. Pertambahan anggota jemaat akhirnya membuat tempat kebaktian dipindahkan ke sebuah rumah yang terletak di Gang Ketapang No. 39. Pada mulanya rumah itu berstatus sewa, tapi Pdt. H.N. Runkat diijinkan untuk merubah rumah tersebut menjadi tempat kebaktian dengan cara membongkar kamar-kamar tidur yang ada sehingga menjadi sebuah ruangan yang panjang.
Bulan Agustus 1953, diadakan kebaktian pentahbisan penggunaan gedung gereja tersebut. Dengan sengaja Pdt. H.N. Runkat membuat podium di tengah bagian muka-tengah, meskipun kelihatan agak aneh waktu itu, karena keyakinannya bahwa suatu hari gereja akan diperlebar sehingga podiumnya tidak perlu diubah lagi letaknya. Cita-cita bapak H.N. Runkat tidak sempat diwujudkannya karena beliau dipanggil pulang ke Rumah Bapa pada tanggal 22 April 1957, dan pelayanannya dilanjutkan oleh istrinya alm. Ibu J. Runkat-Sick.
Tanggal 20 Juni 1959 terjadi transaksi jual beli gedung Gereja di Gang Ketapang No. 39, karena seorang anggota jemaat memberikan sejumlah uang untuk membeli gedung yang selama ini disewa. Tanah di mana gereja berdiri diubah statusnya menjadi hak milik berdasarkan Surat Keputusan Menteri Dalam Negeri No. SK.846/HN/DA/72 tertanggal 20 September 1972 dengan sertifikat Hak Milik No.246.
Oleh karena kapasitas gereja yang tidak mampu lagi menampung jemaat yang datang beribadah, maka pada tahun 1963 – tanpa adanya Panitia Pembangunan – seorang anggota jemaat menawarkan perombakan dinding gedung gereja sebelah kiri. Dalam waktu 7 minggu, gedung gereja telah berubah dengan letak podium tepat berada di tengah-tengah, seperti yang dicita-citakan alm. Pdt. H.N. Runkat.
Tahun 1971 terjadi gempa yang cukup kuat di Jakarta gedung gereja yang lebarnya 12,5 meter dan tanpa tiang penopang di tengah gedung diayunkan gempa ke kiri dan ke kanan, yang mengakibatkan banyaknya retak di dinding. Segeralah dibentuk panitia peremajaan gedung gereja yang diketuai oleh alm. Bpk. Jusuf Tjahaya. Oleh arsitek Bpk. I. P. Tangkulung (Ayah dari ibu Pdt. Paula Lumoindong), disarankan untuk membangun balkon dari kayu mengelilingi gedung yang berkapasitas 300 orang. Kebaktianpun diadakan dua kali, pukul 06.30 dan pukul. 10.00, sedangkan kebaktian anak-anak pukul 08.30-10.00.
Tahun 1976, pemerintah DKI melaksanakan pelebaran jalan K.H. Zainul Arifin serta jembatan kali Krukut yang berakibat pada tidak adanya lagi halaman depan gereja. Akhirnya diputuskan untuk membangun gedung baru berlantai 5 untuk menampung semua anggota jemaat. Panitia pembangunan yang diketuai oleh Bpk. Purnomo Sidhi segera bekerja. Peletakan batu pertama oleh alm. Ibu Pdt. J. Runkat-Sick diadakan pada bulan Agustus 1978. Kebaktian hari Minggu, sejak tanggal 20 Agustus 1978 dipindahkan ke aula milik dinas pemadam kebakaran yang berjarak hanya beberapa ratus meter dari gedung gereja. Pastori dipindahkan ke rumah kontrakan di jalan Mandala Selatan No. 17 Tomang, sedangkan kebaktian remaja, Pemuda, Kaum Wanita dan Kaum Pria diadakan di rumah rumah anggota jemaat dan di gedung gereja GPdI Batu Ceper VII No.11 Jakarta Pusat. Sejak itu pula dimulailah kebaktian-kebaktian rayon.
Tanggal 19 Oktober 1980, kebaktian kembali diadakan di gedung gereja baru yang berlantai 5, yang kemudian ditahbiskan oleh Menteri Agama alm. Bapak H. Alamsjah Ratu Prawiranegara tanggal 18 April 1981. Hanya dalam beberapa tahun, gedung gereja sudah tidak bisa lagi menampung jemaat yang beribadah, sehingga jam kebaktian ditambah menjadi 3 kali, disertai dengan renovasi gedung gereja yang selesai pada awal tahun 1998. Tetapi tanggal 22 November 1998 terjadi peristiwa Ketapang di mana lantai dasar gereja dibakar. Sambil menunggu renovasi selesai, kebaktian hari Minggu diadakan di hotel Borobudur.
Perkembangan dan pertambahan jiwa kembali membuat gedung gereja harus diperluas lagi. Akhirnya pada tahun 2005 diputuskan untuk membeli dan menyewa beberapa ruko di samping kiri dan kanan gereja, untuk dijadikan ruang kebaktian. Bulan Desember 2006, renovasi yang menghasilkan pertambahan kapasitas gedung sebanyak kurang lebih 500 kursi selesai bersamaan dengan diadakannya Natal GPdI Jemaat Ketapang.
Hanya dalam jangka waktu kurang dari setahun, kapasitas gedung gereja GPdI Ketapang sekarang sudah hampir tidak bisa lagi menampung jiwa-jiwa yang datang beribadah sehingga sudah harus dipikirkan lagi untuk memperluas gedung gereja. Puji Tuhan, segala kemuliaan hanya bagi Tuhan.